L’organisation de l’INE reflète les prérogatives qui lui sont attribuées par la loi, le règlement intérieur et par décision du Président.
L’Instance Nationale d’Evaluation est dirigée par un Directeur et dispose des départements et des unités permanentes suivants :
- Département de modélisation, d’enquêtes et d’analyse statistique ;
- Département de l’évaluation des politiques publiques et des institutions ;
- Département de l’évaluation des programmes et des acquis des apprenants ;
- Département de l’évaluation de la recherche scientifique ;
- Département de l’évaluation des services offerts aux apprenants et de l’environnement des établissements d’éducation et de formation ;
- Unité organisation ;
Pour assurer ses missions, l’INE peut s’appuyer sur des experts associés, sur des évaluateurs, et le cas échéant, sur des chargés d’études.
Chaque Département de l’INE peut être organisé en Unités et projets.

Afin de renforcer l’expertise de son travail et de garantir la qualité scientifique de ses dispositifs d’évaluation et de ses publications, l’INE repose sur quatre types de modalités :
La commission scientifique
La commission scientifique est mise en place par le Président, sur proposition du Bureau pour la validation des rapports d’évaluation (article 28 du règlement intérieur).
Les experts associés
L’INE a recours aux experts associés pour l’accomplissement de ses travaux.
Les évaluateurs
- L’INE mobilise des évaluateurs externes de différents domaines du système d’éducation, de formation, de recherche et de différentes disciplines scientifiques.
- Des ateliers de formation sont organisés aux évaluateurs externes.
Tous les experts et les évaluateurs impliqués dans le travail d’expertise et d’évaluation de l’INE ont l’obligation de se conformer aux référentiels établis et à la Charte de l’évaluation de l’INE.
Les réseaux de compétences
Dans le cadre des réseaux de compétences des universités et des institutions éducatives, l’INE établit des collaborations d’études, de recherche et de publications dans les domaines d’éducation, de formation et de recherche scientifique.