يعكس تنظيم الهيئة الاختصاصات المحددة لها من طرف القانون والنظام الداخلي وقرارات الرئيس.
للهيئة الوطنية للتقييم مدير(ة) يسيرها، وتتوفر على الأقسام والوحدات الدائمة التالية :
- شعبة النمذجة والأبحاث والتحليل الإحصائي ؛
- شعبة تقييم البرامج ومكتسبات التلاميذ ؛
- شعبة تقييم الخدمات المقدمة للمتعلمين ومحيط منظومة التربية والتكوين ؛
- شعبة تقييم السياسات العمومية ومؤسسات التربية والتكوين ؛
- شعبة تقييم البحث العلمي.
ولضمان سير مهامها، تعتمد الهيئة على خبراء ومقيمين، وفي بعض الحالات على مكلفين بالدراسات.
تنتظم كل شعبة من شعب الهيئة على شكل وحدات ومشاريع.

لتعزيز مستوى خبرة عمل الهيئة، ولضمان الجودة العلمية لآلياتها التقييمية ولمنشوراتها، تعتمد الهيئة على الأجهزة التالية:
لجنة التقييمات
تحدث هذه اللجنة من طرف الرئيس تحت طلب مكتب المجلس، للفحص والمصادقة على التقييمات المنجزة (المادة 28 من النظام الداخلي).
الخبراء المشاركون
تلجأ الهيئة الوطنية للتقييم لخبراء مشاركين قصد إنجاز أعمالها.
المقيمون
- تتوفر الهيئة الوطنية للتقييم على لائحة مقيمين خارجيين في مختلف مجالات التربية والتكوين والبحث ومختلف التخصصات العلمية. ويساهم هؤلاء في مشاريع التقييم التي تضعها الهيئة؛
- تنظم الهيئة الوطنية للتقييم ورشات التكوين لفائدة المقيمين الخارجيين؛
كل الخبراء المشاركون والمقيمون ملزمون باحترام المرجعيات المعمول بها وميثاق التقييم الخاص بالهيئة.
شبكات الخبرة
في إطار شبكات الخبرة مع الجامعات والمؤسسات التربوية، تؤسس الهيئة مجموعة من الشراكات في مجال الدراسات والأبحاث التقييمية والنشر في مجالات التربية والتكوين والبحث العلمي.